Nisan 1975’de Vietnam Savaşı’ndan kısa bir süre önce, Kim’in Saigon’daki ‘Dreamland’ ismindeki genelevdeki ilk günüdür. 17 yaşında bir köylü kızı olan Kim, barın sahibi Fransiz-Vietnamlı Engineer tarafından hırpalanır. Kalan kızlar gecenin gösterisi için hazırlanırken Kim’in tecrübesizliğiyle alay ederler ("Overture / Backstage Dreamland"). Amerikan askerleri ise yakında Vietnam’ı terk edecekleri için fahişelerle eğlenmektedirler ("The Heat Is on in Saigon"). Parti ortamından rahatsız bir Amerikan askeri olan Chris Scott ise arkadaşı John Thomas tarafından bir kıza gitmesi için zorlanmaktadır. Kızlar, kazanan kişinin bir denizaltı ile Vietnam’dan kurtulacağını belirten ‘Miss Saigon’ ünvanını almak için birbirleriyle yarışmaktadırlar. Bu sırada Kim’in tecrübesiz hali Chris’in dikkatini çeker. Gigi Van Tranh ‘Miss Saigon’ tacını kazanır ve denizci askere onu Amerika’ya götürmesi için yalvarır, bu durum adamı rahatsız eder. Kızlar, daha iyi bir hayatın hayalini kurarlar ("Movie in My Mind"). John, Chris ve bakire olan Kim için bir oda alır ("The Transaction"). Kim, utangaç ve isteksiz bir şekilde Chris ile dans eder ama Chris genelevi terk etmesi için Kim’e para vermeye çalışır. Engineer, Chris’in Kim’i beğenmediğini düşünüp müdahale etmeye kalktığında Chris Kim’in kendisini yatak odasına götürmesine izin verir  ("The Dance").

Chris, Kim’i uykusunda izlerken tanrıya neden Vietnam’ı terk etmeden hemen önce karşısına Kim’i ile çıkardığını sorar ("Why, God, Why?"). Kim uyandığında Chris ödeme yapmaya çalışır fakat Kim ilk defa bir erkekle birlikte olduğunu söyleyerek reddeder ("This Money's Yours"). Kim’in bir yetim olduğunu öğrenmesinden sonra onu Amerika’ya gitmeye davet eder. İkili birbirlerine aşık olmuşlardır ("Sun and Moon"). Chris, John’a Kim’le vakit geçirmek için izin aldığını söyler. John onu Viet Cong’un Saigon’u almak üzere olduğunu söyleyerek uyarsa da Chris’in arkasını kollamayı kabul eder ("The Telephone Song"). Chris, Engineer’dan Kim’i almak ister fakat Engineer bunun karşılığında bır Amerikan vizesi talep etmektedir. Engineer sonunda silah zoruyla ikna olur ("The Deal").

Bardaki kızlar Kim ve Chris bir evlenme merasimi düzenlerler ("Dju Vui Vai") ve Gigi Kim’e gerçek Miss Saigon olduğunu söyleyerek kadeh kaldırır. Kim ile 13 yaşında nişanlandırılan kuzeni Thuy, onu eve götürmek için gelir. Thuy, Kuzey Vietnam Ordusu’nda bir askerdir ve Kim’i beyaz bir adamla görmekten iğrenir ("Thuy's Arrival"). İki adam silahlarını çekeren karşı karşıya gelirler. Kim Thuy’a artık nişanın geçerli olmadığını çünkü ailesinin öldüğünü ve ihaneti yüzünden artık ona karşı bir şey hissetmediğini söyler. Thuy lanet ederek orayı terkeder ("What's This I Find"). Chris, Kim’i Vietnam’dan ayrılırken yanında götüreceğine söz verir ve ilk gecelerindeki şarkıyla dans ederler ("Last Night of The World").

Sahne üç sene sonrasına, 1978’e geçiş yapar. Saigon’da (artık ismi Ho Chi Minh City olmuştur) Vietnam’ın birleşmesi ve Amerika’nın yenilgisinin üçüncü yıldönümü kutlanmaktadır ("Morning of The Dragon").  Thuy, yeni komünist devletin yüksek rütbeli bir çalışanı olmuştur ve askerlerine Engineer’i aramaları ve Kim’i bulmaları için emir verir. Aradaki üç yıllık süreç sahnede gösterilmemiş olsa da Kim ve Chris’in ayrı kaldığı açıktır. Kim, izbe bir yerde hala Chris’e aşık ve Vietnam’a geri dönüp onu kurtaracağını düşünerek saklanmaktadır. Bu sırada Chris artık eşi olan Amerika’lı Ellen ile uyumaktadır ve Kim’in ismini haykırarak kabusundan uyanır. Ellen ve Kim dünyanin iki ayrı ucundan Chris’e olan aşklarını dile getirirler ("I Still Believe").

Bir hafta sonra, Thuy’un askerleri Engineer’ı kuzeyde bir yerde bulurlar. Thuy, artık Tran Van Dinh olarak bilinmekte ve pirinç tarlalarında çalışmaktadır. Engineer Thuy’u Kim’in saklandığı yere götürür ama Kim, Thuy’un adamlarının kapının dışında bekliyor olduğundan habersiz evlilik teklifini tekrardan reddeder. Thuy adamları çağırırlar ve Kim ve Engineeri’ı bağlatarak onları tehdit eder. Kim artık Thuy’a üç yaşındaki oğlu Tam’i göstermek zorunda kalmıştır. Thuy, Kim’e bir hain ve Tam’e düşman olarak seslenerek Tam’i bir bıçakla öldürmeye çalışır. Bu sırada Kim ona Chris tarafından verilmiş olan silahı çıkararak Thuy’u öldürür ("You Will Not Touch Him"). Tam’i de alıp oradan uzaklaşır ("This Is the Hour") ve Engineer’a ne yaptığını anlatır ("If You Want to Die in Bed"). Engineer, Tam’in babasının Amerikan olduğunu öğrenene kadar ona yardım etmeyi reddeder fakat sonra Tam’in Amerika’ya göç edebilmesi için bir şans olduğunu farkeder ("Let Me See His Western Nose"). Kendinin artık Tam’in amcası olduğunu söyler ve diğer mültecilerle birlikte gemiye binerler ("I'd Give My Life for You").